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數學研究所圖書於1948年12月、1949年1月，分二批自南京運抵台灣，是中央研究院圖書遷台的兩個研究所之一(另一為歷史語言研究所)。此後數十年在原有基礎上引入現代編目管理，並隨著國家科技經費的增加逐步充實館藏，55,000冊(以西文為主，含少數中、日文)，西文期刊約1,050餘種(其中27套期刊溯至19世紀)，中日文期刊約250餘種，錄影帶(含DVD)逾140卷。另為因應時代趨勢提供讀者更便捷的服務，本館購置電子資源，包括逾700種電子期刊及MathSciNet資料庫等。
本館與各國學術及研究機構維持出版品的交換贈送，亦為科技部數學研究推動中心圖書館。自2000年起，本館接受科技部自然司之委託，以聯盟的方式取得優惠價格，為數學推動中心及各地區圖書館(包含台大、中央、清大、交大、中興、中正、成大、中山、東華)購置美國數學學會(AMS)、工業與應用數學學會(SIAM)及Springer出版社之電子期刊及資料庫逾百種，以節省經費支出並提升數學研究與教學環境。
本館自2010年從南港搬遷至台灣大學校園內「天文數學館」大樓，與台大數學系圖書室共用大樓的二、三樓空間，陳列二單位的數學圖書共十萬餘冊及本所之數學期刊。除提供本所研究人員、台大師生，以及來訪的數學教研人士、社會人士借閱服務之外，並提供電子資源、館際合作等服務。歡迎各校師生及對數學研究有興趣的朋友，與我們共享資源。
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